中国经济特区研究中心是深圳大学独立建制的实体性科研机构，其历史可追溯到1983年成立的深圳大学特区经济研究所（1996年更名为深圳大学特区台港澳经济研究所）。2001年9月，经教育部批准成为教育部省属高校人文社会科学重点研究基地，是教育部145所中唯一研究中国经济特区和世界经济特区的普通高校人文社会科学重点研究基地。主要研究方向有：（1）中外经济特区研究；（2）深圳与珠三角地区经济研究；（3）港澳台经济研究。现有政治经济学博士点，政治经济学和金融学硕士点。
　　“中心”现任主任为钟坚教授，副主任为袁易明教授。中心学术顾问为曹龙骐教授、苏东斌教授等。现有在编人员12人，其中专职研究人员10人，教授8人，副教授1人，讲师2人；博士5人，在读博士3人；博士生导师4人，享受国务院特殊津贴者2人，广东省高校“千百十工程”省级培养对象1人。同时还聘有校内专兼职研究人员9人，校外兼职研究人员13人。
　　“中心”立足深圳，背靠珠三角，面向港澳台，面向世界，长期坚持中外经济特区、深圳与珠三角地区经济以及港澳台经济等方面的研究，定期举办“中国经济特区论坛”和“中国经济特区研究工作联席会议”等学术交流活动，已取得一批高水平、有特色的研究成果，社会咨询服务成效显着。从2001年到2006年11月，共出版学术专着39 部，发表学术论文245 篇，承担科研项目86 项，获得市级以上科研成果奖14 项， 提供政策咨询研究报告28 篇。教育部李卫红副部长在2006年11月在全国地方高校哲学社会科学科研工作会议上说：“……深圳大学的特区研究等，以其鲜明的独特性和历史的深厚感，产生了重要影响”。
　　“中心”肩负着建成国内一流经济特区研究领域人文社会科学重点研究基地的历史使命，未来发展目标是建设成为在国内外经济特区研究领域中享有较高学术声誉和较大影响的科学研究中心、人才培养中心、学术交流中心、咨询服务中心和资料信息中心，为我国经济特区建设事业和哲学社会科学繁荣发展做出积极贡献。